C言語

今、GROMACSというフリーソフトのソースコードを読もうとしています。

といっても、まだコンパイルすらしていません。
使い方も意味不明な所が多く、まず最初にマニュアルを読んで出来ることと
出来ないことを明確にする所から始めています。

http://www.gromacs.org/


で、まださっぱり分かりません。
どうも周期境界を持った系以外では計算できないようです。
使い方も結構簡単で、チュートリアルがWeb上にあります。

このプログラムはGromosのforce fieldを使用することを前提に作られています。
しかし、商用のamberやcharmmなどのforce filedにも対応させるソフトも
同じサイトで公開されています。

インプットを作るソフトから解析するソフトまであるので、
きっと使いこなすのは楽でしょう。

プログラムを改変してまでやりたいことはumbrella samplingの
反応座標を変えたいこと位しかないですし。

最近ではfortranのコンパイラを導入するのでさえ不便ですから、c言語主体
となるのも良いのかもしれません。