ショックだ。。。

Gromacsネタ

えっと、僕は並列計算が可能なように二種類程コンパイルしました。
MPICH1.2.5とMKLを使うバージョン
MPICH1.2.5とfftw-3.1を使うバージョン

そして、CPUが4を越えると、動かなくなる(hung up)状態になるんです。

コンパイルの仕方が悪かったのかと考えつつメーリングリストをみると、
MPICH.1.2.*では4以上だとhungする。MPICH2.1.*ならいけると
報告している人がいた！2006年だから、ちょうどgromacs-3.3.1で
同じバージョンだ！！

つまりmpich.2.1以前は対応していないんだよね、GROMACS…。

動かなくなるという現象はPMEやPPPMを使った時に生じます。
particle mech ewald, particle-particle Particle-Mesh ,の略です。
静電相互作用の計算方法です。


で、いれるしかないよね？こうなったら…。MPICH2.1を！！