demoをやってみた。

普通のlinuxの環境ならfortranが入っていないかもしれない。入っていなくてもintel fortran compilerとintel math kernel librallyを無償で入手する事が出来る(linux版のみ）
http://www.intel.com/cd/software/products/asmo-na/eng/340679.htm

最新版になっているんですね。とりあえず、math kernel librally以外は最初に入っているgccがあればなんとかいけそうです。

/usr/local/gromacs/share/tutor/gmxdemo/
というディレクトリの中にデモプログラムがあります。
このディレクトリを適当な場所にコピーして
./demo
と実行すると、インタラクティブにスクリプトが動いてMDを体験できます。そもそもMDってなんだ？という事をここではまったく説明していませんが^^;

そうすると、下の絵のように、小さいαhelixのタンパク質が周期境界条件下で動かせたという事になります。(別途VMDというフリーソフトでスナップショットを描画)



赤は酸素、白は水素、青は窒素、黄色は砒素を表しています。灰色は炭素です。真ん中の灰色のネジ見たいな物がタンパク質（ペプチド）で、周期境界条件なのでイメージングされたものが奥に見えます。実際に計算しているのは真ん中のペプチドと周囲の水だけです。

計算して分かったのが、demoの最後のMDのトラジェクトリをg_hbondで評価してやると
最初の構造から急に水素結合の数が増えます。これは最初の構造が空間が空いていたような
構造出会ったことを意味するのだろうと思います。demoのスクリプトをいじってやると
水のポテンシャルの形やタンパク質のポテンシャルの形、温度や圧力制御の方法などなど
を変えてみる事が出来ます。内容物を変えていくらでも考えることはいっぱいあるでしょうね。

GROMACSのソースコードを今読んでいます。一番の親となるコードを発見し、
fortranのように楽勝で読み取れるというわけではないのがわかりました。
C言語らしく、小さな関数の寄せ集めで、ルートをたどるのが面倒です。