GROMACSを動かした見た感想

--enable-doubleで倍精度が出るようになりますが、速度としては遅くなるようです。
leap-flogは悪くないインテグレーター（積分する事）だと思うし、
温度制御もnose-hooverを使える。

興味があるのが周期境界条件が無い場合の近似的な計算で、
いわゆるCAPオプションが欲しい所。しかし、GROMACSにはありません。

一方でmdrunに渡されるオプションの中に
neighbor searching の箇所の
pdb=no
というスイッチがあります。これは境界を持たないというスイッチなので、
周期境界条件を無くす方法がこれに当たります。しかし、CAPオプションが
無いので境界にある分子を止めなければいけません。

分子を止める方法としてはmake_ndxというコマンドを使うと出来るようです。
これで残基を固定する事が出来ます。さらに細かく原子までも指定できます。


gromacsの僕の不足と感じる所::
umbrella　samplingの反応座標を、距離や角度ではなく座標でしか取れない。
CAPオプションが無い。

この二点のみになりました。