2007年7月21日土曜日

Gromacsのインストール

gromacsのパッケージをインストールする際にfftwのインストールが推奨されているけれども、MKLを使った方が無難かなと思ったので、その対処方法を記述します。
(To install GROMACS package, it is recommended with installing fftw package also. But I know MKL shows quite good performace and no trouble, I will write down here how I installed GROMACS with MKL)

最初に intel c complierとintel fortran compilerとMath kernel LibralyとMPICHがインストールされていて、pathがちゃんと設定されている必要がある。そしてコンパイラーの名前を設定してあげなければいけない。cshかtcshを使っているのなら以下のように設定すれば良い。.chsrcのなかに書いてもいいけど、コマンドで与えたほうがよいかな。
(First of all. the system should be installed of intel C compiler and intel fortran compiler , Math Kernel Librally and MPICH, and setting file (.cshrc or .tcshrc ) should be include the proper path of these packages. After that, the name of compiler should be declared like below in the case of CSH or TCSH enviroment. )


setenv FC ifort
setenv F77 ifort
setenv F90 ifort
setenv CC icc
setenv CXX icpc
setenv MPICC mpicc
setenv CPPFLAGS -I/opt/intel/mkl/8.0.2/include
setenv LDFLAGS "-L/opt/intel/mkl/8.0.2/lib/32 -lpthread"

(just type these as a command , that is ok.)

そして、設定が終わったらgromacsのパッケージを解凍して、ディレクトリのなかに入り、
以下のコマンドを打っていく。
(Then, extract the gromacs archive, and goto the created directory , hit the below commands.)

./configure \
--with-fft=mkl \


make
make install

さらにMPI処理をさせたいプログラムはmdrunしかないので、以下のコマンドをって並列用にコンパイルを行う。mdrunがMDを行うコアプログラムだから。
(Next when parallel works are needed, compile only 'mdrun' program with mpich. Because the 'mdrun' is a core program that do MD job. )

make clean
./configure \
--with-fft=mkl \
--enable-mpi \
--disable-nice

make mdrun
make install-mdrun

これでインストールが終了しました。

これをしないとチュートリアルが動きませんでした。
(GMXLIB should be setted like this... without this, tutorial program is not worked properly. )
setenv GMXLIB /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/

チュートリアルはここにあります。
(tutorial program is here.)
usr/local/gromacs/share/gromacs/tutor/gmxdemo/demo

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