本格的にストップ

MPICH-1.2シリーズの利点は各ホストマシンでデーモンを立ち上げなくてよいこと、すなわち管理の手間がそれだけ省けるという事だ。
MPICH-2やOPENMPI,LAM/MPIはデーモンを立ち上げなくてはいけない。MPICH-1.2シリーズで運営していたクラスターに、適応するには非常に面倒な事になる。

…たぶん入れてもよいだろうが、やはり後継のMPICH-2が希望されると思うが、pythonをアップデートする必要がある…。

GROMACSの使用方法や、オプションなどの変更方法などを追求するのはここでストップした方が良いようです。かといってNAMDを使いたいとは思わない。GROMACSの良い所は、アプリケーションが融合していない、インタラクティブなスクリプトが無い(tclやpythonなどを使った特殊言語）ところと、マニュアルがしっかりしているところと、面倒な温度制御（多段階制御）がちゃんと理路整然と入っている所と、マルチメディア命令を使ってループ計算をfortranや通常のCより早く処理できるようにソースファイルレベルで最適化されている事。

今後使えるようならNAMDかGROMACSを使ってみたいので、改良方法などを考えておく
事とするかな。fortranでも良いのだが、フリーではないんだよね。
pythonで面倒くさいインプット入力をさせて、fortranに渡して、
fortranでMPIプログラムを作る事も可能だ。

計算速度はここの言語のコンパイラオプションやループの作り方とかにも依存するんだけど、やはり系が大きくなると、通信速度や処理方法が問題となる。その点MPICH2が今のところベストな選択であるようだ。

GAMESSについてくるDDI（というのか？）の通信プログラムはMPICHより良いのじゃないかと思う。それでMD書くかな…。